Budynek szkoły w obecnym kształcie został wybudowany w 1867 roku.
Mieściła się tu czteroklasowa szkoła miejska i jednoklasowa szkoła narodowa.
Od 1899 roku edukowano tu dzieci do siódmej klasy.
Lata 1929 - 1930 to czas modernizacji budynku.
Podczas działań wojennych w 1945 roku został zniszczony dach i drugie piętro.
Po wojnie placówka został odbudowana.
Mieściła się tu szkoła gminna, która kształciła dzieci na poziomie podstawowym (osiem klas).
W 1999 roku w związku z reformą oświaty, do życia powołano gimnazja. W Miłomłynie stworzono zespół szkół, którego dyrektorem był pan J. Jankowski.
Rok szkolny 2001/2002 to rozdzielenie szkoły podstawowej i gimnazjum.
Dyrektorem naszej szkoły została pani Lidia Drutel,
zastępcą pani Ewa Krygier.
Rok 2007/2008 to zmiana na stanowisku dyrektora. Obecnie placówką zarządza pan Zbigniew Biegański.
Uczniowie korzystają z sali gimnastycznej, pracowni komputerowej, bogato wyposażonej biblioteki, pracowni przedmiotowych. W gimnazjum działają różne koła zainteresowań, w których młodzież może rozwijać swoje zdolności.